Σε πολλές περιοχές του Αιγαίου (Σαρωνικός και Θερμαϊκός Κόλπος, Θρακικό Πέλαγος και Νότιο Αιγαίο), τα τελευταία δεκατρία χρόνια, τα ψάρια που πιάνονται στα δίχτυα των αλιέων είναι μικρότερα σε μέγεθος, σε σύγκριση με τις ψαριές παλαιότερων δεκαετιών. Επίσης, ολοένα και περισσότερο σπανίζουν από τις ελληνικές θάλασσες τα είδη που βρίσκονται στην κορυφή της τροφικής αλυσίδας, όπως ο μπακαλιάρος, τα ροφοειδή και τα μεγάλα πελαγικά ψάρια - ξιφίας, τόνος, παλαμίδα, χριστόψαρο. Τα ψάρια δηλαδή με τη μεγαλύτερη εμπορική αξία. Τα αποτελέσματα αυτά προέκυψαν από μελέτη του Τμήματος Βιολογίας του ΑΠΘ η οποία βασίστηκε στις συλλήψεις ψαριών, κεφαλόποδων και καρκινοειδών (από το 1950 ως το 2001), με βάση στοιχεία της Εθνικής Στατιστικής Υπηρεσίας αλλά και του FAO (Food and Agriculture Organization).

Σύμφωνα με τον επιστημονικό υπεύθυνο της μελέτης, αναπληρωτή καθηγητή Ιχθυολογίας στο Τμήμα Βιολογίας κ. Κ. Στεργίου, τα αποθέματα των μεγάλων σε μέγεθος ψαριών, εκείνων που λέγονται και κορυφαίοι θηρευτές (βρίσκονται στην κορυφή της τροφικής αλυσίδας), έχουν μειωθεί με ταυτόχρονη αύξηση των μικρών σε μέγεθος, χαμηλού τροφικού επιπέδου ειδών. «Η διεργασία αυτή είναι γνωστή ως "fishing down" και έχει παρατηρηθεί σε πολλά οικοσυστήματα που υπεραλιεύονται. Η υπεραλίευση των αποθεμάτων των ελληνικών θαλασσών παρά την ύπαρξη διαφόρων διαχειριστικών μέτρων δηλώνει ότι τα ισχύοντα μέτρα είναι αναποτελεσματικά και πρέπει να συμπληρωθούν με μέτρα που θα προστατεύουν όλο το οικοσύστημα. Ενα τέτοιο μέτρο θα αποτελούσε η ίδρυση θαλάσσιων πάρκων».

Η αλιεία στο Νοτιοανατολικό και στο Κεντροδυτικό Αιγαίο, καθώς και στο Ιόνιο αρχίζει να βασίζεται όλο και περισσότερο σε μικρότερα, βραχύβια ψάρια, τα οποία κατατάσσονται στα χαμηλότερα επίπεδα της τροφικής αλυσίδας. Στις συγκεκριμένες περιοχές οι πληθυσμοί των βενθοπελαγικών (μπακαλιάρος, μπαρμπούνι, γόπα κ.ά.) μειώνονται ενώ των μεγάλων πελαγικών ειδών (όπως ο ξιφίας) είτε μειώνονται είτε παραμένουν σταθεροί.

Είναι χαρακτηριστικό ότι το 62% της μέσης συνολικής ψαριάς, τα τελευταία 50 χρόνια, ήταν κυρίως μικρές σαρδέλες, γαύροι, μαρίδα, κολιοί, φρύσες και γλώσσες. Είδη όπως το προσφυγάκι, το σκουμπρί, το σαλάχι, ο σκορπιός και τα σαυρίδια αποτελούσαν το 18% των αλιευμάτων. Το 10% αποτελούσαν ομάδες ειδών που βρίσκονται στο χαμηλότερο επίπεδο της τροφικής αλυσίδας όπως η γόπα, η σάλπα και οι κέφαλοι. Αντίστοιχο ήταν και το ποσοστό των ψαριών που βρίσκονται στην κορυφή της τροφικής αλυσίδας όπως οι μπακαλιάροι, τα ροφοειδή, η παλαμίδα, οι ξιφίες, οι τόνοι.

Από τα πρώτα χρόνια της δεκαετίας του 1950, ο όγκος των αλιευμάτων αυξάνονταν με ιδιαίτερα γρήγορους ρυθμούς, με μια αιχμή το 1994. Εκτοτε και μέχρι σήμερα, παρατηρείται κατακόρυφη πτώση στις παγιδεύσεις όλων των ψαριών - κυρίως όμως στα ψάρια θηρευτές (μεγάλα σε μέγεθος).

Ετσι, δεν είναι τυχαίο που τα τελευταία χρόνια παρατηρείται ανεξέλεγκτη εμπορία ελληνικών ψαριών, μικρότερου μεγέθους από εκείνο που ορίζει η σχετική νομοθεσία, όπως έχει κατ' επανάληψη καταγγείλει η Greenpeace. Η περιβαλλοντική οργάνωση σε έρευνες που έχει πραγματοποιήσει τα τελευταία χρόνια στις δύο μεγάλες ιχθυόσκαλες της Ελλάδας - του Κερατσινίου στην Αττική και της Μηχανιώνας στη Θεσσαλονίκη - διαπίστωσε ότι πωλούνται μικρά ψάρια τα οποία δεν έχουν φτάσει στο στάδιο της αναπαραγωγής (γόνος). Η Ευρωπαϊκή Ενωση (ΕΕ) έχει ορίσει τα ελάχιστα μεγέθη ψαριών που επιτρέπεται να αλιεύονται, ώστε να προστατεύσει τον γόνο και να διασφαλίσει την ανανέωση του πληθυσμού τους.

Μεσόγειος: Οι τέσσερις πληγές
Η υπεραλίευση, οι παράνομες μέθοδοι ψαρέματος, η χρήση παρασυρόμενων αφρόδιχτων και η ρύπανση αποτελούν τις τέσσερις πληγές της Μεσογείου. Η Greenpeace, στο πλαίσιο διεθνούς εκστρατείας για την προστασία των ωκεανών του πλανήτη, προτείνει τη δημιουργία ενός παγκόσμιου δικτύου θαλάσσιων καταφυγίων, το οποίο θα καλύπτει το 40% της έκστασής τους. Σήμερα, οι πλήρως προστατευόμενες περιοχές της Μεσογείου αντιστοιχούν σε λιγότερο από 1% της θάλασσας, δηλαδή ποσοστό που απέχει μακράν από το 20% - 50% που συνιστούν οι επιστήμονες. Από τις 32 προτεινόμενες περιοχές στη Μεσόγειο, οι έξι βρίσκονται στην Ελλάδα και είναι:
* Ελληνική Τάφρος (Ιόνιο Πέλαγος, βορειοδυτικά της Κρήτης): Σημαντικός τόπος για τις φάλαινες φυσητήρες και τους ζιφιούς.
* Σαρωνικός Κόλπος: Αποτελεί περιοχή ανάπτυξης για τον μπακαλιάρο, ένα από τα πιο εμπορικά είδη της Μεσογείου.
* Σποράδες: Τόπος μεγάλης σπουδαιότητας για τη μεσογειακή φώκια.
* Θρακικό Πέλαγος: Σημαντική περιοχή ανάπτυξης για πολλά είδη όπως ο μπακαλιάρος, η γάμπαρη και ο γαύρος. Το Βόρειο Αιγαίο είναι το μοναδικό σημείο της Μεσογείου όπου έχει καταγραφεί η παρουσία φώκαινας.
* Λήμνος: Σημαντική περιοχή για το κοινό δελφίνι, αλλά και τη φώκαινα.
* Περιοχή μεταξύ Κρήτης και Τουρκίας: Σημαντικός τόπος για την προστασία του κοινού δελφινιού και βιότοπος για τις θαλάσσιες χελώνες.